يشكل قسم علوم البحار الطبيعية ركيزة اساسية في علم البحار لما يقدمه من معلومات قيمة في المجال البحري وتهيئة الكوادر العلمية المتخصصة في جوانب الاستزراع المائي والتنوع الحيوي والتقانات الحياتية والتلوث بأنواعه المختلفة.

يتلقى الطالب في هذا القسم المعلومات الاساسية في مجال البحري سوا ما يتعلق بالأحياء العامة والفيزياء العامة والكيمياء العامة والجيولوجيا البحرية ، فضلا عن تطوير القابليات في مجال الفن البحري والتشريعات والقوانين البحرية وعلم البيئة البحرية. ومع تقدم الدراسة في القسم يتلقى الطالب معلومات اساسية في مجتمع اللافقريات البحرية لما تشكل من اهمية بالغة، اذ تشكل ما يقارب 90 % من الكائنات الحية المعروفة كما يتناول مواضيع الطحالب البحرية ، بعدها تتناول الدراسة في القسم مواضيع اكثر تخصص مثل لدراسات الفسلجية للأحياء البحرية والدراسات التصنيفية ودراسة التلوث النفطي والتنوع البيولوجي، كما يتعلم الطالب بمحاضرات عن طبيعية احياء قاع البحر وامراض الاحياء المائية فضلا عن دراسة الاراضي الرطبة واسس الغوص العلمي .

يدعم القسم المؤسسات ذات العلاقة مثل الشركة العامة للموانئ العراقية وشركة النفط والنقل البحري فضلا عن اكاديمية الخليج العربي للدراسات البحرية.